به محض تولد استوارت لیتل، پدر و مادرش متوجه می‌شوند که او مانند پسربچه‌های دیگر نیست. چون در واقع یک موش است! اما خانواده ى لیتل این بازی عجیب و غریب سرنوشت را می‌پذیرند و تمام نیازهای ویژه‌ی او را، همچون درست کردن تختخوابی از قوطی کبریت و لباس‌های مخصوص برآورده می‌سازند. استوارت با وجود کوچکی اندامش، کارهای زیادی انجام می‌دهد. در کارهای خانه کمک می‌کند، اتوبوس می‌راند، در سنترال پارک نیویورک قایقرانی می‌کند و حتی یک روز به جای معلم سر کلاس می‌رود! همه ى اطرافیان استوارت او را دوست دارند، به جز گربه ى خانواده به نام اسنوبال. او دوست عزیز استوارت را که پرنده ى کوچکی به نام مارگالوست، می‌ترساند. پرنده به سمت شمال فرار مى‌کند. استوارت هم تصمیم به رفتن و پیدا کردن مارگالو مى‌گیرد و بى خبر از خانواده اش به شمال مى‌رود و در سفر با حوادث جالبى روبه رو مى‌شود.