عیسی صدیق در خرداد ۱۲۷۳ در تهران زاده شد. پدرش عبدالله صدیق‌ التجار بازرگان و به باورهای دینی سخت پایبند بود. مادرش خدیجه، فرزند میرزا محمد جعفر مجتهد نیز بانویی پارسا و دیندار بود. هر دو آن‌ها می‌خواستند فرزندشان از کارهای دیوانی پرهیز کند و پس از آموختن زبان عربی و‌‌ آشنایی با اصول فقه، کار پدر را پی‌گیرد و بازرگان شود. در پنج سالگی همراه خانواده به اصفهان رفت. در یادنگارهای سفرش به اصفهان در کتاب یادگار عمر نوشته است‌: "همبازی من در اصفهان خواهرم بود و بلال ...